Właściciele stanęli przed dylematem: odbudowywać wbrew rozpaczy, czy zrezygnować. Wybrali pierwsze rozwiązanie w przekonaniu, że jest ich powinnością zachować na lepsze czasy to, co zostało wypracowane wcześniej. Nadziei na szybki sukces nie było, ale kierowali się bardziej myślą o dobru przyszłego państwa i losem pozostających bez środków do życia pracownikach, niż oczekiwaniem sukcesu.
Fabrykę odbudowano już w listopadzie 1940 roku. Dach wykonano własnymi siłami pracowników Huty.
Pod koniec 1940 roku umarł założyciel Huty – Kazimierz Klimczak. Jego obowiązki przejął syn Tadeusz – doskonale przygotowany zawodowo na niemieckich uczelniach. To on prowadził Hutę do końca jej istnienia. Drugi syn – Janusz – jako oficer rezerwy aresztowany przez władze sowieckie zginął w Starobielsku.
Produkcję rozpoczęto na początku 1941 roku. Władze okupacyjne narzuciły obowiązek produkcji butelek na potrzeby Monopolu Spirytusowego. Za dostarczony towar płacono wódką. Dyrekcja Huty powołała więc do życia hurtownię alkoholu, który sprzedawano lokalom gastronomicznym pozyskując w ten sposób pieniądze na wypłatę pensji pracownikom.
Dokumenty zatrudnienia wystawiane przez administrację Huty były traktowane przez Niemców jako poważne i wiarygodne. Dostarczane nieoficjalnie władzom podziemia stanowiły cenną ochronę dla ich posiadaczy. Z takim dokumentem poruszał się po mieście m.inn. dowódca Kierownictwa Dywersji Armii Krajowej (KEDYW) Okręgu Warszawskiego Józef Rybicki (później jeden z założycieli KOR-u).
W 1944 r. Huta została kolejny raz uszkodzona, a urządzenia zrabowane. Mimo tego fabrykę ponownie wyremontowano i pod koniec 1946 rozpoczęła produkcję powoli dochodząc do przedwojennego poziomu produkcji.
